Diawali dengan Keputusan Menteri Agama RI nomor 27 Tahun 1980 tentang relokasi Madrasah Negeri, yang direspon oleh Drs. A. Dhohiri Zahid yang saat itu menjabat Kepala MTs Balong Kandat Kediri. Setelah beliau berkonsultasi dengan aparat Kantor Departemen Agama Kabupaten Malang maka Camat Gondanglegi (Ahmad Fauzi) dan Kepala KUA Gondanglegi sepakat mendirikan MTs Negeri 1 Malang di Gondanglegi Malang.
Dan sesuai dengan KEPUTUSAN MENTERI AGAMA REPUBLIK INDONESIA Nomor 675 Tahun 2016 TENTANG PERUBAHAN NAMA MADRASAH ALIYAH NEGERI, MADRASAH TSANAWIYAH NEGERI, DAN MADASAH IBTIDIYAH NEGERI DI PROVINSI JAWA TIMUR, tanggal 17 November 2016 berubah semula dari MTsN Malang III menjadi MTsN 1 Malang.
Selanjutnya dipilih lokasi di Desa Sepanjang untuk membangun gedung MTs. Pendaftaran siswa baru pertama kali dilaksanakan pada tanggal 1 -15 September 1980 dengan jumlah pendaftar sebanyak 109 orang untuk mengisi kelas dengan kapasitas 90 orang siswa. Saat itu, karena belum memiliki gedung yang layak penyelenggaraan pendidikan dan pengajaran sementara meminjam tempat di SMA Agus Salim.
Pada tanggal 1 Oktober 1980 secara resmi MTsN 1 Malang dibuka. Saat itu pemenuhan kebutuhan sarana prasarana masih mengalami kesulitan, maka sementara berpindah ke MI Mambaul Ulum berkat tawaran dari H.Abdul Rozaq, Kunar Rahasia dan pengurus MI Mambaul Ulum. Setahun setelah itu, pelan-pelan sarana prasarana di madrasah ini mulai dibangun dan dilengkapi, yang terlihat dari daya tampung setiap tahunnya mengalami peningkatan. Saat ini menampung sekitar 882 siswa dalam 28 kelas (kelas 7, 8 dan 9).
Dalam hal kualitas penyelenggaraan pendidikan dan pengajaran MTsN 1 Malang terus menunjukkan peningkatan sehingga mulai tahun 2004 MTsN 1 Malang dicanangkan sebagai Madrasah Percontohan oleh Kepala Kandepag Kabupaten Malang Drs.H.Mas’ud Ali,M.Ag. Selanjutnya pada tahun 2006 berdasarkan SK Kapala Kandepag Kabupaten Malang No.Kd.13.1/1/PP.00.5/108/Sk/2004 bahwa MTs Negeri 1 Malang ditetapkan sebagai Madrasah Unggulan di lingkungan Kantor Departemen Agama Kabupaten Malang.
Disamping penghargaan dari Kantor Departemen Agama Kabupaten Malang dengan program-program di atas, madrasah ini telah mengkoleksi sejumlah penghargaan baik tingkat lokal, regional hingga Internasional. Diantara sekian penghargaan yang diperoleh selama delapan tahun terakhir adalah: 1. Madrasah Berprestasi Terbaik I Tingkat MTs Se Jawa Timur Tahun 2007 (dari Kanwil Depag Prop. Jatim), 2. Sekolah Teladan 1 dalam Lomba Iptek Antar Pelajar se Indonesia Tahun 2008 (dari LIPI Jakarta), 3. Juara III Lomba Web-Blog Sekolah Tingkat Nasional 2008 (dari Seameo Seamolec Jakarta), 4.Juara I lomba Web-Blog Sekolah Tingkat ASEAN 2009 (dari Seameo RELC Singapura), 5. Juara I LOMBA ANIMASI DALAM INDONESIA ICT AWARD Tongkat Naional 2013.
Lebih lanjut untuk terus menjaga mutu penyelenggaraan pendidikan dan pengajaran, madrasah ini terus melakukan inovasi-inovasi yang dilakukan oleh seluruh tenaga kependidikan yang ada disamping terus menambah wadah bagi pengembangan kelebihan-kelebihan khusus yang dimiliki siswa, diantaranya: 1. Program Kelas Akselerasi (Ijin Kanwil Depag-tahun keenam), 2. Program Kelas Prestasi (tahun ketujuh), 3. Program Kelas Bilingual/rintisan kelas Internasional (mulai 2009/2010)
Pada sisi lain kemajuan dan berbagai penghargaan yang diterima MTsN 1 Malang ini tidak lepas dari peran serta seluruh tenaga kependidikan yang ada di madrasah ini di bawah pimpinan kepala madrasah. Sejak berdiri MTsN 1 Malang telah mengalami 9 kali pergantian Kepala Madrasah, yaitu:
